# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '-------------------------------------------------------- BiocStyle:减价()选项(宽度= 100,max.print = 1000) knitr:: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。## getv(“KNITR_CACHE”，“TRUE”))##设置，echo=FALSE，消息=FALSE，警告= FALSE -------------------------------------------- suppressPackageStartupMessages({库(所有)库(气道 ) }) ## ---- 配置测试 ------------------------------------------------------------------------------- stopifnot (getRversion () > = ' 3.2 ' & & getRversion () < 3.3, BiocInstaller: biocVersion() = = 3.2” " ) ## ---- 阅读。表 ----------------------------------------------------------------------------------- 帧= " ALLphenoData。tsv“# #使用file.choose()找到文件pdata = read.table(帧)# #——所有属性 ------------------------------------------------------------------------------- 类(pdata) colnames (pdata)暗(pdata)头(pdata)总结(pdata性美元)总结(pdata cyto.normal美元)# #——ALL-subset ----------------------------------------------------------------------------------- pdata [1:5, 3:4) pdata[1:5]头(pdata[3:5])尾(pdata[3:5], 3)头(pdata时代美元)头(pdata性美元)头(pdata [pdata年龄> 21美元 ,]) ## ---- exprs ---------------------------------------------------------------------------------------- <——“ALLassay帧。Tsv " exprs <- as.matrix(读。表(帧,check.names = FALSE )) ## ---- SummarizedExperiment ------------------------------------------------------------------------- 如果(BiocInstaller:: biocVersion() > = " 3.2 ")图书馆(SummarizedExperiment){}{库(GenomicRanges ) } ## ---- make-SE -------------------------------------------------------------------------------------- se < -SummarizedExperiment (exprs colData = DataFrame (pdata )) ## ---- se-ops --------------------------------------------------------------------------------------- 头(colData (se))测定(se) [1:5, 1:5] se性% %美元“M”男性< - se (se美元性% %“M”)雄性试验(雄性)[1:5,1:5) # #——sessionInfo ---------------------------------------------------------------------------------- sessionInfo ()