# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '-------------------------------------------------------- BiocStyle:减价()选项(宽度= 100,max.print = 1000) knitr:: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。## getv(“KNITR_CACHE”，“TRUE”))##设置，echo=FALSE，消息=FALSE，警告= FALSE -------------------------------------------- suppressPackageStartupMessages({库(DESeq2)库(limma ) }) ## ---- 配置测试 ------------------------------------------------------------------------------- stopifnot (getRversion () > = ' 3.2 ' & & getRversion () < 3.3, BiocInstaller: biocVersion() = = 3.2” " ) ## ---- sleep-t。测试 --------------------------------------------------------------------------------- 头(睡眠)情节(额外的~组、数据=睡眠)# #传统接口(睡眠,t.test(额外的[组= = 1],[组= = 2]))# #公式接口t.test(额外的~组、睡眠)# # =组间方差t.test(额外的~组、睡眠、# #——sleep-lm var.equal = TRUE) ------------------------------------------------------------------------------------- ## 线性模型;比较t.test(var.equal=TRUE) fit <- lm(extra ~ group, sleep) anova(fit) ## ----sleep-model。矩阵 --------------------------------------------------------------------------- ## 底层模型,用于“lm.fit()的模型。矩阵(额外~组，睡眠)#最后一列表示组效应模型。矩阵(额外~ 0 +集团睡眠)# # # - sleep-diff对比列 ----------------------------------------------------------------------------------- fit0 < - lm(额外~ ID、睡眠)fit1 < - lm(额外的~ ID +组、睡眠)方差分析(fit0 fit1) t.test(额外的~组、睡眠、var.equal = TRUE,配对= TRUE)