可视化

马丁•摩根
2015年2月3日

三种方法

• “基地”图形
• 晶格

• ggplot2

  • 一个整洁的ggplot2例子:幻灯片19 +来自文斯·凯里的演讲。

Genome-centric

• Gviz用来可视化基因组区域
• ggbio提供广泛的选项

交互式可视化

• rtracklayer用于可视化基因组范围和管理UCSC基因组浏览器会话。
• epivizr用于交互显示
• 闪亮的网络对于交互式应用程序。

报告

• ReportingTools对于简单的报表模板

和…

• RColorBrewer而且网站:帮助选择合理的配色方案。
• 偶然的艺术
• 把图

实验室

Gviz / ggbio

通过小插图第二节的Gviz包，然后“绘制基因组空间的折叠变化”RNASeq实验室．

仔细的研究装饰图案的ggbio包中。

运行以下命令DESeq2工作流程达到一个顶级表;强迫结果为adata.frame．

library(DESeq2) library(气道)data(气道)se =气道dds <- DESeqDataSet(se, design = ~ cell + dex) dds$dex <- relevel(dds$dex， "untrt") dds <- DESeq(dds) res <- results(dds) resdf <- as.data.frame(res)

“火山图”显示了p值和对数折叠变化之间的关系。这是一个使用基本图形的基本火山图;创建一个火山情节使用ggplot2和/或晶格．

plot(-log10(padj) ~ log2FoldChange, resdf)