可再生的研究

马丁•摩根
2015年2月3日

再现性的重要性

一个警示

可重复分析的设施R

基本要素——很快就会变得令人不满意

• “老派”文本脚本
• 评论描述方法
• 包版本

小插曲-“文字编程”

• 减价
• R减价;编织和缠绕
• 乳胶

更高级的注意事项

版本控制

• 使用隐晦的文件名来表示不同版本的替代方案(更好!
• 创建一个'repository'，添加/编辑文件，'commit'更改
• 轻松回顾'差异'，恢复以前的版本，…

• RStudio

  • File ->新项目->新目录->空项目。点击‘Create git repository’。
  • File - >新建File - > R脚本。编辑。
  • “Git”图标在菜单栏- >提交

包

• Rstudio“向导”

• 好处

  • 代码重用使分析标准化
  • 不需要复制/粘贴代码
  • 易于与同事(团队、公司、世界)分享

实验室

制作一个简短的“小品”总结你昨天的rna测序工作。代码块可能沿着

library(气道)library(DESeq2) data(气道)dds <- DESeqDataSet(气道，设计= ~ cell + dex) dds$dex <- level(dds$dex， "untrt") dds <- DESeq(dds) res <- results(dds)

将其与相关的描述性信息(标题，作者，日期)以及描述每一步细微差别的文本描述中，加上你选择的图表或表格来说明实验设计或结果的相关方面。

将其呈现为HTML文档，以便在家里与同事共享。