```{r setup, echo=FALSE} library(LearnBioconductor) stopifnot(BiocInstaller::biocVersion() == "3.1")``` ```{r style, echo = FALSE, result = 'asis'} BiocStyle::markdown()“#可重复性研究马丁·摩根。
2015年2月3日# #再现性(警示)的重要性(//www.andersvercelli.com/help/course-materials/2013/EMBOBGI/reproducible-research.pdf) # #设施使可再生的分析_R_基础——很快就会变得令人不满意的“老派”文本脚本,注释描述方法——包版本小插曲——“文学编程”——减价_R_减价;版本控制-替代(更好!)使用含糊的文件名来表示不同的版本-创建“存储库”，添加/编辑文件，“提交”更改-轻松审查“差异”，恢复以前的版本，…- _RStudio_ - File ->新项目——>新目录——>空项目。单击“创建git存储库”。- File——>新文件——> R脚本。编辑。- 'Git'图标菜单栏->提交包- Rstudio '向导' -好处-代码重用标准化分析-无需复制/粘贴代码-易于与同事分享(工作组，公司，世界)##实验室产生一个简短的'vignette'总结您的rna序列昨天的工作。代码块可能沿着' ' ' {r workflow-code-chunks, eval=FALSE} library(气道)library(DESeq2) data(气道)dds <- DESeqDataSet(气道，design = ~ cell + dex) dds$dex <- relevel(dds$dex， "untrt") dds <- DESeq(dds) res <- results(dds)在文字描述中嵌入相关的描述性信息(标题、作者、日期)，以及描述每一步细微差别的文字，加上你选择的图表或表格来说明实验设计或结果的相关方面。将其呈现为HTML文档，以便在家中与同事共享。