用函数、文件和包组织代码

马丁•摩根
2015年2月3日

编程

R是一种编程语言

• 你自己的函数

  fun <- function(n) {x <- rnorm(n) y <- x + rnorm(n, sd=.5) lm(y ~ x)}

  • 检查RStudio函数向导!

• 迭代

  ## 'side effects' for (i in 1:10) message(i) ## result for后续计算sapply(1:10, function(i) {sum(rnorm(1000))})

  • 其他迭代范例:拉普兰人(),应用(),宾州()/(地图)。

• 条件执行

  sapply(1:10, function(i) {if (sum(rnorm(1000)) > 0) {ans <- "hi!"} else {ans <- "低!"} ans})

从脚本到包

脚本包含数据和转换的组合。这些转换通常是特殊的，并且严重依赖于各种包提供的功能。有时脚本包含可以在不同地方重用的有用代码块。我们在本课程中遇到的例子可能包括DNA序列的gc含量(或者已经有相应的函数了吗?)看看Biostrings)，并创建从一种注释类型到另一种注释类型的简单“映射”。

创建包很容易，也很有用。

• 只需要仔细考虑一下如何实现函数一次。
• 包中的代码将被重用——如果您纠正了一个错误，那么您的所有脚本都会自动受益。
• 与你的实验室伙伴/同事分享一致的结果，与更广泛的社区分享名誉和荣誉。

什么是R包吗?

• 所需文件的简单目录结构。最小:

  MyPackage |——描述(标题、作者、版本等)|——命名空间(导入/导出)|——R (R函数定义)|——gc。R |——annoHelper。R|-- man (help pages) |-- MyPackage.Rd |-- gc.Rd |-- annoHelper.Rd

检查Rstudio包向导!

实验室

GC-content

写一个以a为参数的函数DNAStringSet并返回GC内容。

使用条件语句修改函数，以确保是否提供了aDNAString或者一个DNAStringSet。测试功能。

将函数保存在AMI的文件中。

Annotation-helper

编写一个函数，将基因标识符作为其参数集合(如rownames ()的SummarizedExperiment对象)，并使用select ()方法和注释包org.Hs.eg.db返回一个命名的字符向量，其中向量的名称是集合标识符，值是相应的基因符号。采用一些易于实现的策略来处理映射到多个基因符号的集合标识符。将此函数保存到另一个文件中

一个包

使用RStudio向导从包含GC-content和注释-helper函数的文件中创建包。