````{r setup，echo = false} library（LearnBioconductor）stopifnot（biocinstaller :: biocversion（）==“ 3.1”）`````````````:: Markdown（）
2015年2月3日##编程_r_是一种编程语言 - 您自己的函数``{r fun} fun} fun < - function（n）{x <-rnorm（n）y <-x + rnorm（n，sd =。5）lm（y〜x）}``` - 查看_rstudio_功能向导！- 迭代````{r itteration，eval = false} ##'side Effects'for（i in 1:10）消息（i）##结果用于后续计算sapply（1:10，function（i）{sum {rnorm（1000））}）`` - 其他迭代范式：`lapply（）`，apply（）`，mapply（） / map（）`。- 条件执行``````{r striceedal，eart = false} sapply（1:10，function（i）{if（sum（rnorm（1000））> 0）{ans < - “ hi！”} else {ans <- “低！”} ans}）````##从脚本到包脚本包含数据和转换的组合。通常，转换是特殊的，并且严重依赖各种软件包提供的功能。有时，该脚本包含有用的代码，可以在不同的地方重复使用。我们在本课程中遇到的示例可能包括DNA序列的gc-content（或者已经有一个功能吗？查看`r biocpkg（“ bioStrings''！！），并从一种类型的类型中创建一个简单的'Map'注释另一个。创建一个包装很容易和有益。- 只需要仔细考虑如何实施一次功能。- 包装中的代码重复使用 - 如果您纠正错误，则所有脚本都会自动受益。 - Share with your lab mates / colleagues for consistent results, and with the wider community for fame and glory. What is an _R_ package? - Simple directory structure of required files. Minimal: MyPackage |-- DESCRIPTION (title, author, version, etc.) |-- NAMESPACE (imports / exports) |-- R (R function definitions) |-- gc.R |-- annoHelper.R |-- man (help pages) |-- MyPackage.Rd |-- gc.Rd |-- annoHelper.Rd Check out the _Rstudio_ package wizard! ## Lab ### GC-content Write a function that takes a `DNAStringSet` and returns the GC content. Modify the function using a conditional statement to work whether provided a `DNAString` or a `DNAStringSet`. Test the function. Save the function in a file on your AMI. ### Annotation-helper Write a function that takes as its argument Ensembl gene identifiers (like the `rownames()` of the _SummarizedExperiment_ object in the RNASeq vignette yesterday) and uses the `select()` method and annotation package `r Biocannopkg("org.Hs.eg.db")` to return a named character vector, where the names of the vector are the Ensembl identifiers and the values are the corresponding gene SYMBOLs. Adopt some simple-to-implement policy for handling Ensembl identifiers that map to more than one gene symbol. Save this function to another file ### A package Use the _RStudio_ wizard to create a package from the files containing your GC-content and annotation-helper functions.