## ----设置，回声=假--------------------------------------------图书馆（SearchBiociondumon）Stopifnot（Biocinstaller :: biocversion（）==“3.1”）## ----样式，回声=假，结果='ASIS'------------------------------------生物陶瓷:: markdown（）knitr :: Opts_chunk $ set（tidy = false）## ------------------------------------------------------------------------------------- x < - rnorm（1000）＃原子向量y < - x + rnorm（1000，sd = .5）df < - data.frame（x = x，y = y）＃类的类'data.frame'plot（y〜x，df）＃泛型图，方法plot.formula fit < - lm（y x，df）#cloup'lm的＃对象'方法（class = class（fit））＃Introspection ## ---- echo = true，eval = false ---------------------------------------------＃fname < - file.choose（）##“allphenodata.tsv”＃topifnot（file.exists（fname））＃pdata< - read.delim（fname）## ---- echo = false ------------------------------------------------------------ Fname < - system.file（“extdata”，“allphenodata.tsv”，package =“searchbiociondoriond”）stopifnot（file.exists（fname））pdata < - read.delim（fname）## ----全部属性-----------------------------------------------class（pdata）colnames（pdata）dim（pdata）头（pdata）摘要（pdata $性）摘要（pdata $ cy.normal）＃＃----全子集--------------------------------------------------- PDATA [1：5，3：4] PDATA [1：5，]头（PDATA [，3，3：5]）尾部（PDATA [，3：5], 3) head(pdata$age) head(pdata$sex) head(pdata[pdata$age > 21,]) ## ----ALL-subset-NA------------------------------------------------------- idx <- pdata$sex == "F" & pdata$age > 40 table(idx) dim(pdata[idx,]) ## ----ALL-BCR/ABL-subset-------------------------------------------------- bcrabl <- pdata[pdata$mol.biol %in% c("BCR/ABL", "NEG"),] ## ----ALL-BCR/ABL-drop-unused--------------------------------------------- bcrabl$mol.biol <- factor(bcrabl$mol.biol) ## ----ALL-BT-------------------------------------------------------------- levels(bcrabl$BT) ## ----ALL-BT-recode------------------------------------------------------- table(bcrabl$BT) levels(bcrabl$BT) <- substring(levels(bcrabl$BT), 1, 1) table(bcrabl$BT) ## ----ALL-BCR/ABL-BT------------------------------------------------------ xtabs(~ BT + mol.biol, bcrabl) ## ----ALL-aggregate------------------------------------------------------- aggregate(age ~ mol.biol + sex, bcrabl, mean) ## ----ALL-age------------------------------------------------------------- t.test(age ~ mol.biol, bcrabl) boxplot(age ~ mol.biol, bcrabl)