1.1闪亮的应用程序的结构

闪亮的应用程序有两个组件：

• 用户界面脚本
• 服务器脚本

用户界面（UI）脚本控制应用程序的布局和外观。它在命名的源文件中定义UI.R.。以下是UI.R.脚本为你好,闪亮的例子。

图书馆（闪亮）＃定义绘制直方图shinyUI的应用程序的UI（FlultPage（＃应用程序标题TitlePanel（“Hello Shiny！”），＃侧栏具有滑块输入的Sidebarlayout的数量（Sidebanel（SliderInput（“垃圾箱”），“垃圾箱数：”，min = 1，max = 50，值= 30）），＃显示生成的分布mainpanel（plotopput（“diftplot”）））））））））））

的服务器。R脚本包含计算机需要构建应用程序的说明。这里是服务器。R档案你好,闪亮的例子。

库（闪亮）＃定义绘制直方图shinyserver所需的服务器逻辑（生成直方图的函数（输入，输出）{＃表达式。表达式为＃inclated to erlayplot以指示：##）它是“反应性“因此，当输入改变＃2时应自动＃重新执行（x），max（x），length.out =输入$ bins + 1）＃使用指定数量的bins hist（x，breaks = bins，col ='darkgray'，border ='white'）}）}）

在一个层面上你好,闪亮的服务器脚本非常简单。它确实有一些计算，然后用所请求的箱数绘制直方图。

但是，您还会注意到大多数脚本都被包裹在呼叫中renderPlot。上面的评论函数解释了一下这个问题，但如果你发现它令人困惑，不要担心。我们很快就会覆盖这个概念。

玩你好,闪亮的应用程序并查看它的源代码。尝试培养一种对应用程序的工作方式。你的r会话将忙碌你好,闪亮的应用程序处于活动状态，因此您将无法运行任何R命令。R正在监视应用程序并执行应用程序的反应。要获取您的r会话，请点击转义或单击停止标志图标（在RStudio控制台面板的右上角）。

1.2运行一个应用程序

每个闪亮的应用程序都具有相同的结构：两个R脚本在目录中保存在一起。至少一个应用程序有UI.R.和服务器。R文件，并且您可以通过制作新目录并保存一个应用程序来创建应用程序UI.R.和服务器。R文件内部文件。每个闪亮的应用程序都需要自己的唯一目录。

您可以通过将其目录的名称提供给函数来运行闪亮的应用程序Runapp.。例如，如果你的应用程序在一个名为my_app，用以下代码运行它:

图书馆（闪亮）RunApp（“my_app”）

注意:的第一个参数Runapp.是从工作目录到应用程序目录的文件路径。上面的代码假定应用程序目录位于您的工作目录中;在这种情况下，文件路径只是目录的名称。

如果你想知道，那么你好,闪亮的应用程序的文件存储在一个特殊的系统目录中，设计用于与runexample.称呼。或者，您还可以通过调用来启动该应用程序

runapp（system.file（package =“shiny”，“示例”，“01_hello”））

1.3轮到你

创建名为的第一个闪亮的应用程序my_app。为此，启动RStudio并从文件菜单选择新项目...>新目录>闪亮的Web应用程序。作为目录名称输入所需的名称my_app。该项目将开始UI.R.和服务器。R包含熟悉的代码你好,闪亮的应用程序。

要启动您的应用程序，请在R控制台中运行：

库(亮)runApp ()

或者，您可以单击运行应用程序按钮（在编辑器的顶部），或或使用键盘快捷方式：控制+ Shift + Enter在Windows / Linux,或命令+ shift + Enter在Mac上。

Rstudio将默认将在新窗口中启动应用程序，但您也可以选择在专用查看器窗格中或在外部Web浏览器中启动应用程序。单击旁边的图标进行选择运行应用程序。

对你的应用做一些改变:

1. 将标题更改为“Hello World！”。
2. 设置滚动条的最小值为5。
3. 将直方图颜色改为“深灰色”至“天蓝色”。

准备就绪后，再次启动您的应用程序。您的新应用应该匹配下面的图像。

2.1布局

闪亮UI.R.脚本使用函数流化物创建一个自动调整到用户浏览器窗口尺寸的显示。控件中放置元素来布局应用程序流化物函数。

例如，UI.R.下面的脚本创建了一个用户界面，它有一个标题面板，然后是一个侧边栏布局，其中包括一个侧边栏面板和一个主面板。注意，这些元素被放置在流化物函数。

#ui.r shinyui（sperepage（titlepanel（“标题面板”），侧栏（侧巴托尔（“侧边栏（”侧栏面板）“，MainPanel（”主面板“）））））））

TitlePanel.和Sidebarlayout.这两个最受欢迎的元素是什么流化物。他们创建了一个带有侧边栏的基本闪亮应用程序。Sidebarlayout.始终采取两个参数：

• 侧巴旁柱功能输出
• MainPanel函数输出

这些功能将内容放在侧栏或主面板中。

TitlePanel.和Sidebarlayout.为闪亮的应用程序创建一个基本布局，但您也可以创建更高级的设计。例如，navbarPage创建包含导航栏的多页面用户界面。您还可以使用splitLayout，或者你可以使用fluidRow和列构建基于网格的布局。有关概述，请参见闪亮的骗子。

2.2HTML内容

你可以添加内容到你的Shiny应用程序中，把它放在一个*控制板函数。例如，上面的应用程序在每个面板中显示一个字符串。单词“侧边栏面板”出现在侧边栏面板中，因为我们将字符串添加到侧巴班尔功能，即sidebarPanel(“侧边栏面板”)。标题面板和主面板中的文本也是如此。

要添加更高级的内容，可以使用Shiny的HTML标记函数之一。这些函数与常见的HTML5标记并行。作为一个例子，让我们尝试创建头文件。

h1(“我的标题”)

## 
我的标题

#ui.r shinyui（sperepage（titlepanel（“我的闪亮应用程序”），侧栏（Sidebarpanel（），mainpanel（H1（“第一级标题”），H2（“第二级标题”），H3（“第三级标题”），H4（“第四级标题”），H5（“第五级标题”），H6（“第六级标题”））））））））））

2.3其他标签

我们已经演示了如何使用头标记函数，但是还有更多的标记函数可供您使用。闪亮::标签包含110个函数的列表，每个函数构建特定的HTML标记。如果您熟悉HTML，您将按其名称识别这些标签。

名称(标签)

## [1]“a”“abbr”“地址”“区域”“文章”## [6]“抛开”“音频”“b”“b基本”“bdi”## [11]“bdo”“blockquote“”body“”br“”按钮“## [16]”Canvas“”标题“”CITE“”CONE“”COL“## [21]”COLGOUP“命令”“数据”“DataList”“DD”## [26]“del”“divn”“div”dl“## [31]”dt“”em“”嵌入“”firemsource“”fieldset“## [36]”figeqution“”图“页脚”“形式”“H1”## [41]“H3”“H3”“H4”“H5”“H6”## [46]“Hgroup”“HROUP”“HR”“HTML”## [51]“i”“iframe”“img”“输入”“Ins”## [56]“KBD”“Keygen”“标签”“Lim”“Li”## [61]“链接”“标记“”MAP“”MENU“”META“## [66]”仪表“”NOV“”NOSCREC“”OBETION“”OL“## [71]”OPTGROUP“选项”“输出”“PARAM”“PARAM”## [76]“Pre”“进步”“Q”“Ruby”“RP”## [81]“S”“SAMP”“SAMP”“脚本”“截面”部分“## [86]”选择“”“”源“”跨度“”强“## [91]”Super“”sub“”subs“”sup“”table“## [96]”tbond“”td“”td“”textarea“”tfoot“”tfoot“”tfoot“”tfoot“”th“## [101]“Thead”“时间”“标题”“tr”“track”## [106]“U”“UL”“var”“视频”“wbr”

要创建标记，请运行一个元素标签作为一个功能。例如，创建一个div标签,使用:

标签$ div ()

## 
 

您可以调用一些最受欢迎的标签，辅助功能使得可以更轻松地访问它们。例如，功能代码是一个包装标记$ code.并创建格式化为计算机代码的文本。其他可用的辅助功能是：一个,br,代码,div,新兴市场,h1,h2,h3,h4,h5,编辑,人力资源,IMG.,p,pre,跨度， 和强大的。其余标记函数的名称与本机R函数的名称冲突，因此您需要调用它们标签$语法。

3.1添加小部件

您可以以相同的方式将窗口小部件添加到用户界面，以便通过放置窗口小部件函数来添加其他类型的HTML内容侧巴班尔或主帕尔在你的UI.R.文件。

每个小部件函数需要几个参数。每个小部件的前两个参数都是

• 小部件的名称。用户不会看到这个名称，但是您可以使用它来访问小部件的值。名称应该是一个字符串。
• 一个标签。此标签将显示在您的应用中的小部件。它应该是一个字符串，但它可以是空字符串""。

剩余的参数因窗口小部件而异，这取决于窗口小部件需要做的工作。您可以在窗口小部件函数的帮助页面上找到小部件所需的确切参数，例如，？SelectInput.。

下面的代码使应用程序如图所示。改变UI.R.脚本my_app来匹配它，然后重新启动应用程序。玩每个小部件，感受一下它的功能。尝试更改小部件函数的值并观察效果。

#ui.r shinyui（speterpage（titlepanel（“基本小部件”），fluistrow（列（3，h3（“按钮”），actbutton（“动作”，label =“action”），br（），br（），submitButton（“提交”）），列（3，H3（“单个复选框”），CheckBoxInput（“复选框”，标签=“选择A”，值= True）），列（3，CheckBoxGroupInput（“CheckGroup”，标签= H3（“复选框组”），选择=列表（“选择1”= 1，“选择2”= 2，“选择3”= 3），选择= 1），列（3，DateInput（“日期”）,label = h3("Date input"), value = "2014-01-01")) ), fluidRow( column(3, dateRangeInput("dates", label = h3("Date range"))), column(3, fileInput("file", label = h3("File input"))), column(3, h3("Help text"), helpText("Note: help text isn't a true widget,", "but it provides an easy way to add text to", "accompany other widgets.")), column(3, numericInput("num", label = h3("Numeric input"), value = 1)) ), fluidRow( column(3, radioButtons("radio", label = h3("Radio buttons"), choices = list("Choice 1" = 1, "Choice 2" = 2, "Choice 3" = 3), selected = 1)), column(3, selectInput("select", label = h3("Select box"), choices = list("Choice 1" = 1, "Choice 2" = 2, "Choice 3" = 3), selected = 1)), column(3, sliderInput("slider1", label = h3("Sliders"), min = 0, max = 100, value = 50), sliderInput("slider2", "", min = 0, max = 100, value = c(25, 75)) ), column(3, textInput("text", label = h3("Text input"), value = "Enter text...")) ) ))

4.1显示闪亮的R输出

对于MA Plot出现在我们的闪亮应用程序中，我们需要：

• 将图添加到用户界面定义中UI.R.。
• 告诉闪亮如何渲染情节服务器。R。

#ui.r size = 450 shinyui（spertpage（titlepanel（titlepanel（“ma plot explorer”），splitlayout（cellwidths = size，plotoutput（“plotma”，width = size，height = size）））））

#服务器。Rlibrary(DESeq2) load("data.rda") res <- results(dds) ymax <- 5 shinyServer(function(input, output) { # MA-plot output$plotma <- renderPlot({ par( mar=c(5,5,3,2), cex.main=1.5, cex.lab=1.35 ) plotMA( res, ylim=c(-ymax, ymax) ) }) })

4.2使用窗口小部件值的反应输出

在此阶段，当您启动应用程序时，它将显示一个静态MA图。功能plotma.有一个争论α设置阈值调整后的p值的意义级别。我们现在将通过添加一个控制此参数的滑块窗口小部件来扩展应用程序。

首先，让我们在我们的绘图输出下方添加一个滑块小组件：

# ui。R大小= 450 shinyUI(fluidPage( titlePanel("MA plot explorer"), splitLayout(cellWidths=size, plotOutput("plotma", width=size, height=size) ), splitLayout(cellWidths=size, sliderInput("alpha", "Adjusted p-value treshold", min=0, max=0.2, value=0.1, step=0.001, width=size) ) ))

滑块允许在0.001的步长范围内选择0到0.2的值，并且我们已经设定了其宽度以匹配它上方的绘图大小。

您可以通过在构建绘图时闪亮调用滑块值来使绘图反应。让我们来看看如何做到这一点。

看一下第一行代码服务器。R。您是否注意到未命名的职能提到两个参数,即输入和输出？你已经看到了输出是一个类似列表的对象，用于存储在应用程序中构建R对象的指令。

输入是第二个类似列表的对象。它存储了应用程序中所有小部件的当前值。这些值将被保存在小部件的名字下UI.R.。

例如，我们的应用有一个小部件“α”，其值将存储在输入$α。如果一个物体使用了输入价值。为了使MA Plot反应，替代您的服务器。R脚本包含呼叫的行plotma.以下是:

plotma（Res，Ylim = C（-ymax，Ymax），alpha =输入$ alpha）

当您准备好更新UI.R.和服务器。R文件，启动闪亮的应用程序。当您移动滑块时，绘图应立即重绘。

哪些输出依赖于哪些小部件。当用户更改一个小部件时，Shiny将使用该小部件的新值重新生成依赖于该小部件的所有输出。因此，重建的对象将完全是最新的。

这就是用Shiny创建反应性的方法，通过连接输入对象输出。闪亮照顾所有其他细节。

4.3反应性

最后，我们将使MA Plot可点击允许选择一个基因，并为所选基因添加计数曲线。

我们首先将计数图添加到MA图旁边，这样UI.R.脚本匹配以下内容：

#ui.r size = 450 shinyui（sperypage（titlepanel（“ma plot explorer”），splitlayout（cellwidths = size，plotoutput（“plotma”，click =“plotma_click”，width = size，height = size），plotoutput（“plotcounts“，width = size，height = size）），splitlayout（cellwidths = size，sliderinput（”alpha“，”调整后的p值三板“，min = 0，max = 0.2，值= 0.1，步骤= 0.001，宽度=尺寸）））））

注意额外的点击对此的论点plotOutputMA Plot的功能。如果设置为值plotma_click，绘图将在单击它时向服务器发送坐标。这个值可以通过输入plotma_click美元并将包含一个命名列表x和y指示鼠标位置的元素。我们将使用输入plotma_click美元坐标以解决MA图中最近的基因。

让我们回到服务器。R脚本。为了能够解决在MA图中哪个点最接近点击，我们创建t.data.scaled.包含归一化坐标中的点的对象。我们将使用该对象在欧几里德距离方面找到最近的点。

＃server.r库（deseq2）加载（“data.rda”）res < - 结果（dds）ymax < -  5＃该对象将用于从单击事件中找到点。数据< -  with（res，cbind（basemean，log2foldchange））数据[，2] < -  pmin（ymax，pmax，data [，2]））比例< -  c（diff（range（数据[，1]）），2 * ymax）t.data.scaled < -  t（数据）/比例shinyserver（函数（输入，输出）{current = restiveValues（idx = null）观察（{xy = c（输入$ plotma_click $ x，输入$ plotma_click $ y）如果（！is.null（xy））{##找到最近点Sqdists的索引< -  colmeans（（t.data.scaled  -  xy / scale）^ 2）当前$ idx < -其中.MIN（SQDISTS）}}）＃ma-plot输出$ plotma < -  renderplot（{par（mar = c（5,5,5,3,2），cex.main = 1.5，cex.lab = 1.35）plotma（res，ylim = c（-ymax，ymax），alpha =输入$ alpha）＃在所选点id id id id and endx = current $ idx附近（！是null（idx））点（数据[idx，1]，数据[idx，2]，col =“dodgerblue”，cex = 3，lwd = 3）}）#Selated Gene输出$ PlotCounts < - 叶果（{PAR（Mar = C（5,5,3，2),cex.main=1.5, cex.lab=1.35 ) # update only when idx changes idx = current$idx if (!is.null(idx)) plotCounts( dds, idx, intgroup=c("dex") ) }) })

除了更新renderPlot负责绘图的功能，我们闪亮的应用程序还有一些其他重要的补充。即，我们使用过reactiveValues对象和一个观察者简化应用程序。

4.4依赖性

如果你点击MA图会发生什么?

这将使两个图绘制renderPlot过时，即使他们不直接依赖输入plotma_click美元。Shiny将知道它们已经过时，并将重新绘制绘图，因为它将跟踪输出对象所依赖的响应值。Shiny将自动重建一个对象，如果在对象的反应/输入值渲染*功能变化。

5.1分享作为R文件

任何与R可以运行闪亮的应用程序。他们需要一份你的副本服务器。R和UI.R.文件以及应用中使用的任何补充材料（例如，万维网文件夹或任何辅助r脚本）。用户可以将这些文件放入应用程序目录中，并使用您在计算机上使用的相同命令启动应用程序，例如，使用相同的命令。Runapp.。

此外，Shiny提供三个内置的命令，使其易于使用在线托管的文件：润润,runGitHub， 和流说者。

runurl（“”）

rungithub（“<您的用户名> / <您的存储库名称>”）

流说者（“3239667”）

5.2分享作为一个网页

所有上述方法都有相同的限制：它们要求您的用户在计算机上安装r和闪亮。然而，闪亮创造了与那些人分享产出的完美机会不是有r（并且无意得到它）。您的闪亮应用程序恰好是世界上使用最广泛的通信工具之一：网页。如果您在自己的URL上托管应用程序，则用户可以访问该应用程序（不需要担心代码）。

Rstudio提供了三种方法，可以作为网页托管闪亮的应用程序：

• shinyapps.io.
• 闪亮的服务器，和
• 闪亮的服务器支持