这文学包提供许多用于探索和可视化MetageNomics数据的功能，我们将通过今天的包作者提供的两只Vignettes工作。
来自vignettes的R源代码的副本可供您使用Labs / 5_fridayofter，因此您可以追溯插头所示的步骤。
要了解有关填补件的更多信息，请查看包装登陆页面生物体网站。
如果我们没有相应的包裹中的包装，我们现在将从本地存储库（在家中我们可以使用Bioclite.安装这些）。
来源（“http://192.168.0.9/setrepos.r”）install.packages（c（“phyloseq”，“metagenomeseq”）））我们可以通过运行powerign命令查看可用的vignettes：
小插图（包裹=“phyloseq”）我建议我们先经历“Phyloseq-Analysis”Vignette，因为它允许直接“实践”探索我们可以做的事情文学包裹。
小插图（“Phyloseq-Analysis”）一个.pdf纸张复制到的纸张GlobalPatterns.示例数据集在今天的课程材料中提供，它在Vignette中不时在Vignette中引用，您可以使用它将您的图与纸张的图谱进行比较。
作为第二步，我们可以通过植物 - 混合物模型来自的小插图文学纸张，这将为我们提供如何使用的介绍deseq2.。
小插图（“Phyloseq-混合物模型”）