# #——knitr-settings回声= FALSE ------------------------------------------ 图书馆(knitr)美元opts_chunk组(整洁= FALSE) # #——选择、eval = FALSE -------------------------------------------------- ## 库(org.Hs.eg.db) # # keytypes (org.Hs.eg.db) (org.Hs.eg.db) # # # #列egid < - # #选择(org.Hs.eg.db,“BRCA1”、“ENTREZID”,“象征 ") ## ---- cdsBy,eval = FALSE --------------------------------------------------- ## 库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) # # txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene ## cdsByTx <- cdsBy(txdb， "tx") ## ---- extractTranscriptsFromGenome, eval=FALSE----------------------------- ## library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) ## library(genome features) ## dna <- extractTranscriptsFromGenome(Hsapiens, cdsByTx) ## ----biomart，eval = FALSE ------------------------------------------------- ## 库(biomaRt) # #运用< - # #发现&使用# # useMart(“运用”,数据集=“hsapiens_gene_ensembl”)# #头(listFilters(运用),3)# # myFilter < -“chromosome_name”# # myvalue < - c(“21”,## res <- # getBM(attributes=myAttributes, filters=myFilter， ## values=myValues, mart= ensemble) ## ----psicquic，eval = FALSE ------------------------------------------------ ## 库(PSICQUIC) # # # #查询web服务可用提供者# # PSICQUIC < - PSICQUIC() # #提供者(PSICQUIC) # 25可用提供者# # # # TP53之间的相互作用和MYC # #台< - # #交互(PSICQUIC c(“TP53”、“MYC”),“9606”)# # nrow(台)# # # 7交互——AnnotationHub eval = FALSE ------------------------------------------- ## 库(AnnotationHub) # #中心< - AnnotationHub() # # # # 10511资源中心