新Bioconductor软件包作者的问题和答案

• 欢迎来到Bioconductor第一次问答环节!
• 请在YouTube聊天窗口发布任何问题
• 在简短的谈话之后，我将能够回答他们

• 分析和理解高通量基因组数据
• 健壮的软件
  • 记录
  • 测试
  • 免费提供
• 可再生的研究
• 代码重用和协同工作的重要性

• 要改进您的包
• 确保您的包帮助满足项目的目标
• 帮助您了解更多关于其他现有包/对象的信息

• 包指南(//www.andersvercelli.com/2021欧洲杯体育投注开户developers/package-guidelines/)
• 新软件包作者入门(//www.andersvercelli.com/2021欧洲杯体育投注开户developers/how-to/buildingPackagesForBioc)
• 支援网站(https://support.bioconductor.org/)
• 生物devel邮件列表(https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel)

• BiocCheck (//www.andersvercelli.com/packages/devel/bioc/html/BiocCheck.html)，安装方法如下:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite (BiocCheck)库(BiocCheck)

• 代码重用
• 良好的文档——每个人都必须了解小插图。
• 为什么人们关心我的代码的外观?(代码可读性)

• 我们的svn代码库是公开的
• 许多杂志像如果你的软件已经上线
• 最终:你必须检查具体的日志(重要的是他们的政策)

• 不要惊慌——这个过程是为了帮助你。
• 构建并检查您的软件包(使用Bioc '【2021欧洲杯官方合作伙伴】 ”!)

R CMD build MyPkg R CMD check MyPkg_0.99.0.tar.gz R CMD BiocCheck MyPkg_0.99.0.tar.gz

• 将包放入跟踪器(https://tracker.bioconductor.org/issue558)
• 不要为新的tarball创造额外的问题

• Bioconductor的部分资金来自以下资助:

  Nhgri / nih u41hg004059

  NSF 1247813