### R代码来自Vignette源'/home/vobencha/proj/svn/conferences/boston14/labs/parallellebioc/parallelbioc/parallelbioc.rnw'############################################################################）；图书馆（基因组签名）###################################################### ###代码块编号2：注册#########################################＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ 挂号的（） ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃####################### ###代码块数字3：多核######################################################################################################4，type =“ psock”）雪帕拉姆（工人= 4，type =“ mpi”）############################################################## ###代码块数字5：batchjobs #####################################################################################代码块数字6：Oversubscribe ########################################################工作者<-c（bpworkers（），bpworkers（） + 5，bpworkers（） + 10）fun < - function（i）system.time（bplapply（1:10）00，sqrt，bpparam = multicoreParam（i））do.call（rbind，lapply（工人，娱乐））########################################################################################＃key < - “ data/hg00096/alignment/## hg00096.chrom20.illumina.bwa.gbr.gbr.low_coverage.20120522.bam” ## url <-paste0（“ http：///////s3.amazonaws.com/， “/“， 钥匙） ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃######## ### code chunk number 8: FUN3 ################################################### FUN3 <- function(chrom, files, WL, group, ...) { library(cn.mops) counts <- getReadCountsFromBAM(files, WL = WL, mode = "unpaired", refSeqName = chrom, parallel = length(files)) referencecn.mops(cases = counts[,group == "tumor"], controls = counts[,group == "normal"]) }