Bioc 2020：软件和生物学连接的地方

时间：2020年7月27日至31日
内容：社区/开发日，主要会议
地点：虚拟会议
松弛：生物导体团队（（＃Bioc2020渠道）
推特：＃Bioc2020

讲习班

加入生物导体＃Bioc2020和＃Bioc2020-workshops渠道以获取最新信息。

100级研讨会

作坊	资源	Docker
生物导体注释资源简介
RNA-Seq分析的整洁转录组学简介
生物导体中的公共数据资源
用可可注释的样本间DNA甲基化和ATAC-SEQ变异
ReCount2和相关软件包的人RNA-seq数据
基于云的基因组学使用Terra/Anvil
生物信息学家研讨会的流行病学

200级研讨会

作坊	资源	Docker
ATAC-SEQ QC和数据分析的最佳实践
与ISEE的汇总可视化对象的交互式可视化
高通量OMICS数据的功能丰富分析
使用生物导体的拷贝数变化分析
多亚雪人和策展人的生物导体2020车间
CRISPRSEEK和GUDESEQ用于设计针对CRISPR基因组编辑系统的特定目标GRNA；主题分析与矩阵和daglogo
集成芯片序列分析研讨会
R中矩阵分解和主成分分析的简介
关于从高高发现生物标志物通过PUT响应屏幕发现生物标志物的研讨会
进口Alevin Scrna-Seq将计数计入R/生物导体

500级研讨会

作坊	资源	Docker
有关如何创建和提交包裹的材料
用于使用和开发CWL中可再现生物信息学管道的生物导管工具链
有效地使用延迟框架框架来支持大型数据集的分析
从多个HI-C数据集检测差异相互作用的染色质区域
跨条件的轨迹推断：差异表达和差分进展
有效，可扩展和可重现的富集工作流程

具有预装依赖项的讲习班可以使用Docker在本地运行。

• Docker Plul 将为给定的最新图像拉。
• Docker Run -e密码= -p 8787：8787 -D -RM 将向主机发布容器的端口8787（-p），以独立模式运行（-d），并在容器停止时干净地卸下（- R M）。
• 打开http：// localhost：8787并使用用户名登录rstudio和密码。
• 跑browsevignettes（package =“ ”）。单击其中一个链接“ HTML”，“源”，“ R代码”。
  • 的情况下 ”未找到请求的页面”错误，添加帮助/主机名之后到达URL。这是一个已知错误。

高级：使用-v $（pwd）：/home/rstudio参数将您的本地目录映射到容器。利用-e disable_auth = true，如果您希望无密码登录到rstudio。在Windows上，您可能需要提供您的本地主机IP地址http://191.163.92.108:8787/- 使用Docker-Machine IP默认值在Docker的航站楼中。

例子：

docker pull waldronlab/publicdataresources:latest docker run -e PASSWORD=bioconductor -p 8787:8787 -d --rm waldronlab/publicdataresources # Open http://localhost:8787 and login using rstudio/bioconductor credentials # Run browseVignettes(package = "publicDatareSources”）＃打开http：// localhost：8787/help/liblary/publicDataresources/doc/publicDataresources.html docker docker ps -a＃列出所有运行的容器docker stop <容器stop <容器ID>＃or

使用The The Workshop软件包创建了BuildAbiocworkshop2020模板。

笔记。所有研讨会都应包括有效的描述带有以下字段的文件：

• URL：- github页面URL（https://username.github.io/repository）
• dockerimage：- docker存储库slug在小写中，带有（可选）标签（用户名/存储库：标签）